Kolonoskop z jednej strony zakończony jest mikrokamerą która rejestrując oświetlony sztucznym światłem obraz jelita przekazuje obraz do procesora a następnie na ekran monitora. Uzyskany obraz oceniany jest przez lekarza.

Kolonoskopy posiadają ponadto specjalne kanały poprzez które pompuje się i odprowadza z  jelita powietrze, przepłukuje obiektywy, oczyszcza ścianę jelita oraz przez które można wprowadzać różne instrumenty umożliwiające  przeprowadzenie zabiegów endoskopowych.

Wprowadzanie powietrza do wnętrza  jelita  jest nieodłączną częścią badania. Powietrze bowiem rozciąga zapadnięte po wypróżnieniu ściany jelita umożliwiając ich  dokładną ocenę. Jest też ono główną przyczyną dolegliwości podczas badania.

Celem badania kolonoskopowego jest ocena makroskopowa powierzchni błony śluzowej jelita grubego. Przy użyciu dodatkowych instrumentów istnieje możliwość pobrania wycinków śluzówki do badania histopatologicznego oraz wykonania szeregu zabiegów endoskopowych, jak  wycięcia polipów i tamowanie krwawienia.

Wskazania do wykonania kolonoskopii wynikają z charakteru zgłaszanych przez pacjenta dolegliwości, wyniku badania fizykalnego, badań biochemicznych oraz wcześniej przeprowadzonych innychą badań obrazowych. Współcześnie uważa się iż  ta właśnie bezpośrednia obserwacja wnętrza jelita jest najdoskonalszą metodą jego oceny.

Nie zaleca się wykonywania kolonoskopii u  kobiet w II i III trymestrze  ciąży, u chorych z  tętniakiem aorty oraz z zaburzeniami układu krzepnięcia.

Kolonoskopia trwa około 10-20 minut. Wszystkie badania wykonywane są w znieczuleniu. Stosujemy znieczulenie miejscowe lub w przypadku badań wykonywanych w ramach Programu Ministerstwa Zdrowia - w sedacji. W przypadku zastosowania sedacji chory nie może prowadzić samochodu po zabiegu.

Jak po każdym badaniu inwazyjnym tak i po kolonoskopii może wystąpić powikłanie. Zdarzają się one rzadko (<1%) i występują głównie po usunięciu polipów. Najczęściej występuje  wtedy krwawienie, które zwykle udaje  się zatrzymać również metodą endoskopową. Przebicie ściany jelita  wymaga operacji. Chorzy, u których wystąpią powikłania po kolonoskopii muszą być leczeni w szpitalu.